แผนการแมนฮัตตันสรุป GWAS ฮิตในสัตว์แต่ละชนิด  ในทุกแผง แกน x แสดงถึงตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ในจีโนมอ้างอิง SARS-CoV-2 และแกน y แสดงถึง -log10 ของค่า p แบบ pointwise ที่เฉลี่ยจากการทำซ้ำ  จำนวนการเข้าชมที่มีนัยสำคัญทางสถิติที่มีค่า p ที่แก้ไขตามครอบครัวที่ต่ำกว่า 0.05 จะแสดงเป็นสีแดง (ไม่มีความหมายเหมือนกัน) หรือสีน้ำเงิน (มีความหมายเหมือนกัน) ในขณะที่ค่า p ที่ไม่มีนัยสำคัญทางสถิติจะเป็นสีดำ

แผนการแมนฮัตตันสรุป GWAS ฮิตในสัตว์แต่ละชนิด ในทุกแผง แกน x แสดงถึงตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ในจีโนมอ้างอิง SARS-CoV-2 และแกน y แสดงถึง -log10 ของค่า p แบบ pointwise ที่เฉลี่ยจากการทำซ้ำ จำนวนการเข้าชมที่มีนัยสำคัญทางสถิติที่มีค่า p ที่แก้ไขตามครอบครัวที่ต่ำกว่า 0.05 จะแสดงเป็นสีแดง (ไม่มีความหมายเหมือนกัน) หรือสีน้ำเงิน (มีความหมายเหมือนกัน) ในขณะที่ค่า p ที่ไม่มีนัยสำคัญทางสถิติจะเป็นสีดำ

ผลลัพธ์

ผู้เขียนค้นพบว่ามิงค์มีอัตราการแพร่เชื้อ SARS-CoV-2 จากสัตว์สู่คนสูงสุด ซึ่งสอดคล้องกับวรรณกรรมก่อนหน้านี้ ในทางตรงกันข้าม สายพันธุ์อื่นๆ ที่ตรวจสอบ เช่น สุนัข แมว และกวาง มีระดับการแพร่เชื้อ SARS-CoV-2 สู่มนุษย์เพียงเล็กน้อย อย่างไรก็ตาม แม้จะมีการค้นพบนี้ แต่ก็ไม่สามารถตัดความเป็นไปได้ของการแพร่เชื้อ SARS-CoV-2 จากแมวหรือสุนัขสู่คนได้ ซึ่งสามารถค้นพบได้ง่ายกว่าด้วยการวิจัยการแพร่กระจายในครัวเรือนในอนาคตหรือการสุ่มตัวอย่างในระดับลึก

การแพร่กระจายของ SARS-CoV-2 จากคนสู่สัตว์มีความสอดคล้องกันในทุกสายพันธุ์ และความคลาดเคลื่อนเล็กน้อยอาจเนื่องมาจากวิธีการสุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน สล็อตออนไลน์ แม้ว่าอคติในการสุ่มตัวอย่างที่อาจเกิดขึ้นอาจจำกัดเหตุการณ์การส่งสัญญาณที่คาดการณ์ไว้ แต่การค้นพบนี้ถือเป็นพื้นฐานที่มีคุณค่าสำหรับการวิจัยในอนาคต

ทีมงานได้กู้คืนการกลายพันธุ์ของ N501T ที่เชื่อมโยงกับมิงค์และการแปรผันของกรดอะมิโนเพิ่มเติมอีกสองรูปแบบในยีน SARS-CoV-2 อื่น ๆ พวกเขายังค้นพบการกลายพันธุ์ของกวางที่มีลักษณะเฉพาะหลายอย่าง รวมถึงการแทนที่ที่ไม่มีความหมายเหมือนกันและมีความหมายเหมือนกัน ไม่มีนิวคลีโอไทด์แวเรียนต์ (SNV) ใดที่เชื่อมโยงกับสุนัขหรือแมวอย่างเป็นสำคัญใน GWAS ในขณะที่ SNV 26 ตัวมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับกวางและสามตัวกับมิงค์

อันที่จริง การตีมิงค์หนึ่งในสามรายการปรากฏในการทำซ้ำทั้งหมด 10 ครั้ง และอย่างน้อย 50% ของการจำลองซ้ำเก็บอีกสองรายการที่เหลือ การกลายพันธุ์สามครั้ง ซึ่งรวมถึง N501T ไม่มีความหมายเหมือนกัน นอกจากนี้ กวาง 7 จาก 26 ตัวปรากฏในการทำซ้ำทั้งหมด 10 ครั้ง และอีก 5 ครั้งมีการแสดงอย่างน้อย 50% ของการวิ่งทั้งหมด การโจมตี 5 ครั้งจาก 26 ครั้งเป็นการกลายพันธุ์ระหว่างยีน ในขณะที่ 12 ครั้งเป็นการกลายพันธุ์ที่มีความหมายเหมือนกัน นอกจากนี้ พบ 21 ครั้งเป็นการกลายพันธุ์ของการเปลี่ยนแปลงซิสเทอีน (C)>uracil (U)

บทสรุป

ผลการศึกษาพบว่ามีการแพร่กระจายของเชื้อโควิด-19 จากมิงค์สู่คน บ่อยครั้ง ขณะที่การแพร่เชื้อจากสุนัข แมว และกวางจากสัตว์สู่คนเป็นเรื่องผิดปกติ ทีมงานตั้งข้อสังเกตว่าการสอบสวนในอนาคตควรตรวจสอบ SNVs ที่มีความสัมพันธ์อย่างมากกับกวางและมิงค์เพื่อดูว่าพวกมันมีหน้าที่ในการเกิดโรคที่แปรปรวน การหลีกเลี่ยงภูมิคุ้มกัน หรือการปรับเปลี่ยนการตอบสนองของโฮสต์หรือไม่

ผลการวิจัยในปัจจุบันสนับสนุนการแพร่กระจายของเชื้อ COVID-19 จากกวางสู่กวางเป็นเวลานาน และเน้นย้ำถึงความจำเป็นของการวิจัยการกลายพันธุ์ของ SARS-CoV-2 ที่เกี่ยวข้องกับสัตว์เพื่อกำหนดอิทธิพลที่อาจเกิดขึ้นต่อสุขภาพสัตว์และมนุษย์ จากลำดับจีโนมที่เข้าถึงได้ งานปัจจุบันได้เสนอวิธีการเชิงปริมาณสำหรับเฝ้าติดตามการแพร่เชื้อของ COVID-19 ระหว่างสัตว์และระบุการกลายพันธุ์ที่ปรับให้เข้ากับสัตว์ที่เป็นไปได้จำนวนมากสำหรับการตรวจสอบเพิ่มเติม

*ประกาศสำคัญ

bioRxivเผยแพร่รายงานทางวิทยาศาสตร์เบื้องต้นที่ไม่ได้รับการตรวจสอบโดยเพื่อน ดังนั้น ไม่ควรถือเป็นข้อสรุป แนวทางการปฏิบัติทางคลินิก/พฤติกรรมที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพ หรือถือว่าเป็นข้อมูลที่เป็นที่ยอมรับศึกษาค้นคว้า SARS-CoV-2 ที่หลบหนีจาก nirmatrelvir

ดาวน์โหลด PDF Copy

ปูจา ทอชนิวัล ปาฮาเรีย

โดยปูจา ทอชนิวัล ปาฮาเรีย10 มิ.ย. 2565

บทวิจารณ์โดยDanielle Ellis, วท.บ.

ในการศึกษาล่าสุดที่โพสต์ไปยัง เซิร์ฟเวอร์ preprint ของ bioRxiv * นักวิจัยได้ประเมินการดื้อต่อ nirmatrelvir (NIR) ซึ่งเป็นตัวยับยั้งโปรตีเอสของ SARS-CoV- สายพันธุ์ Alpha, Delta และ Omicron 2.

การศึกษา: สายพันธุ์ SARS-CoV-2 ที่ดื้อต่อ Nirmatrelvir ที่มีความฟิตสูงในหลอดทดลอง  เครดิตภาพ: Juan Gaertner/Shutterstock

การศึกษา: สายพันธุ์ SARS-CoV-2 ที่ดื้อต่อ Nirmatrelvir ที่มีความฟิตสูงในหลอดทดลอง เครดิตภาพ: Juan Gaertner/Shutterstock